Фридрих захватил на море генуэзский флот, который вез враждебных ему прелатов на собор. Господство императора окончилось с избранием папой Иннокентия IV.

Новый папа, опасаясь попасть в плен, тотчас же уехал из Италии и созвал в Лионе собор, главным образом из французских и английских прелатов. Здесь он повторил отлучение над императором, предложил германским князьям выбрать другого государя и объявил, что сам распорядится сицилийской короной.

Иннокентий IV был искусный политик и поднял всюду врагов против Фридриха. Города Северной Италии опять возмутились, прогнали гарнизоны императора и сожгли его большой лагерь, который он назвал «Победой»; лучшие советники Фридриха изменили ему. Среди этих неудач император внезапно умер.

Со смертью его в 1250 г. рушилось и господство Штауфенов, а папство торжествовало победу. В Германии гибелью старшего сына Фридриха окончилась династия.

В Италии папы продолжали истребительную борьбу против последних Штауфенов и отдали Сицилийское королевство французскому принцу Карлу Анжуйскому, надеясь в нем найти послушного союзника.