Иначе держался Фридрих в Германии, где он был чужим, как бы иностранным государем. Император считался здесь только «головой среди других органов тела»; князья, как говорилось в грамотах, создают и охраняют его славу, а потому «призваны с ним вместе ко власти».

Фридрих II обещал князьям не принимать в свои города людей, от них зависимых, не строить у них замков, не чеканить монеты и не вмешиваться в суды в их областях. В угоду князьям и епископам император вовсе отступил от городов; воспретил всякие союзы между городами для взаимной поддержки, всякие гильдии и товарищества внутри города, выборы старшин и совета помимо епископов.

Эти уступки князьям в Германии были нужны для Фридриха потому, что он хотел сосредоточить свои силы в Италии, где опять поднялся союз ломбардских городов. Фридрих разбил ломбардцев и разделил Северную Италию на две области, во главе которых поставил королевских наместников; суд и управление были отданы в руки чиновников на жалованье, как в Сицилийском королевстве.

Папа не мог потерпеть такого подчинения Италии; оно грозило бы падением власти римского престола. Папа Григорий IX, почти столетний старик, отлучил Фридриха II от церкви и соединился против него с Венецией и Генуей. Но после смерти этого папы в течение двух лет не могли выбрать нового.