До тех пор римские епископы считались преемниками и заместителями апостола Петра. Иннокентий III объявил, что папа - наместник «не какого-либо апостола или человека, а самого Христа». Некоторые страны стали как бы в прямую зависимость от папы. Такова была основанная крестоносцами на месте Византии Латинская империя.

Английский король Иоанн Безземельный, допустивший вмешательство Иннокентия III в дела своего государства, признал себя его вассалом.

Вельфский император Оттон IV хотя и получил поддержку папы, однако повел себя так же, как и Штауфены: захотел господствовать в Риме и в итальянских городах. Тогда Иннокентий III, по его собственным словам, «раскаялся, что создал человека».

Под папской опекой находился внук Барбароссы, сицилийский король Фридрих Штауфен; Иннокентий отлучил от церкви Оттона IV и благословил своего воспитанника на поход в Германию; перед самою смертью великого папы молодой Штауфен отвоевал себе германскую корону.